Никита Никифорович Кононенко родился в 1922 году в селе Самотеевка Краснопольского района Сумской об­ласти. Окончил неполную среднюю школу, затем учился в школе фабрично-заводского обучения при машиностроительном за­воде и одно­временно в сумском аэроклубе. В феврале 1940 года Никита Кононенко добровольно вступил в ряды Красной Армии. Окончил Чугуевское военно-авиационное училище пилотов. Прошел путь от курсанта до полковника, заместителя начальника штаба дивизии. В Великой Отечественной войне Никита Никифорович участвовал с февраля 1943 года. За годы войны совершил 169 боевых вылетов, лично сбил 15 самолетов противника, в составе группы – 9 самолетов.

Летом 1943 года на Курском направлении заместитель командира авиаэскадрильи Кононенко выполнял разведывательные полеты над Белгородом, Сумами, Полтавой, Харьковом. Эскадрилья наносила удары по аэродромам противника, прикрывала наземные войска, сопровождала полеты бомбардировочной авиации. В дни Курской битвы летчики совершали по нескольку вылетов в день. Никита Кононенко лично сбил тогда девять фашистских самолетов.

Указом Президиума Верховного Совета СССР от 15 мая 1946 года штурману 179-го гвардейского истребительного авиационного полка гвардии капитану Кононенко Никите Никифоровичу присвоено звание Героя Советского Союза.

После войны Никита Никифорович Кононенко окончил Военно-командную академию противовоздушной обороны. В 1965 году уволен в запас. Жил и работал в Белгороде.